Ključna razlika između Golgijevih tijela i mitohondrija je u funkciji koju obavljaju. Glavna funkcija Golgijevih tijela (ili Golgijeva aparata) je modifikacija, razvrstavanje i pakiranje proteina za izlučivanje, dok je glavna funkcija mitohondrija stvaranje energije u stanici (ATP) disanjem.
Eukariotske stanice sadrže stanične organele kao što su Golgijeva tijela, mitohondriji, lizosomi, ribosomi, jezgra itd. To su vitalne organele potrebne za stanične funkcije. Golgijeva tijela dio su endomembranskog sustava koji se sastoji od vezikula i presavijenih membrana, dok su Mitohondrije dvostruko membranski povezane organele u obliku zrna koje se nalaze u eukariotskim stanicama.
