Ključna razlika između mitohondrija i kinetoplasta je ta što su mitohondriji eukariotske stanične organele koje proizvode energiju (ATP). U međuvremenu, kinetoplast je mreža kružne DNA koja se nalazi unutar velikog mitohondriona, posebno u protozojima klase Kinetoplastea.
Eukariotske stanice imaju različite tipove staničnih organela. Te različite organele vrše različite funkcije unutar žive stanice. Od njih su mitohondriji jedna od membrana vezanih organela viđenih u eukariotskoj stanici. Oni su organele koje su odgovorne za proizvodnju energije (u obliku ATP) u stanicama. Stoga se smatraju moćnicima stanice. Mitohondriji imaju vlastiti genom, a to je kružna DNA naslijeđena po majci. Kinetoplast je mreža kružne DNA koja se vidi u velikom mitohondriju organizama koji pripadaju klasi Kinetoplastida. Stoga se kinetoplasti vide samo u ovoj eukariotskoj poddomeni.
