Ključna razlika između protostoma i deuterostoma je ta što u protostomima blastopore postaju usta, dok u deuterostomima anus. Druga glavna razlika je u tome što se zametci protostoma podvrgavaju spiralnom cijepanju, dok embriji deuterostoma prolaze radijalno.
U razumijevanju ova dva pojma bilo bi važno obratiti pažnju na to kako se odvija embrionalni razvoj organizama. Posebno bi bilo važno uzeti u obzir životinje s celomom, a to je šupljina ispunjena tekućinom koja leži između endoderma (crijeva) i mezoderme (uglavnom mišićnog sloja); drugim riječima, celom je peritoneum kod sisavaca. Protostomi i deuterostomi dvije su glavne vrste životinja koelomata i među njima postoje brojne razlike. Oni se prvenstveno razlikuju u načinu na koji im se oblikuju usta i anus tijekom embrionalnog razvoja.
