Ključna razlika između MS i lajmske bolesti je u tome što je lajmska bolest zarazna bolest, dok MS nije upalna bolest bez zaraznog podrijetla. Odnosno, multipla skleroza je kronična autoimuna upalna bolest posredovana T stanicama koja utječe na središnji živčani sustav. Lymeovu bolest, s druge strane, uzrokuje spiroheta nazvana Borrelia burgdoferi koja u ljudsko tijelo ulazi ubodima uši ili krpelja.
I multipla skleroza i Lymeova bolest su bolesti koje mogu utjecati na naš neurološki sustav.