Ključna razlika između pepsina i proteaze je ta što je pepsin jedna vrsta proteaze, dok je proteaza enzim koji cijepa proteine u aminokiseline.
Proteini su važne makromolekule napravljene od različitih aminokiselina. Aminokiseline su građevni blokovi proteina i amidnim vezama se polimeriziraju u proteine. Neki enzimi mogu razbiti proteine u aminokiseline, a poznati su kao proteaze. Postoje različite vrste proteaza koje se razlikuju prema mehanizmu hidrolize. Među njima je pepsin, koji je želučana proteaza, jedna takva vrsta.
