Ključna razlika između virusa i viroida je u tome što je virus obvezni parazit koji se sastoji od RNA ili DNA genoma i proteinske kapside, dok su viroidi zarazne čestice sastavljene od jednolančanih kružnih molekula RNA.
Postoje različite vrste zaraznih sredstava koja uzrokuju bolesti biljaka, životinja i drugih organizama. Među njima su bakterije, gljive, praživotinje, virusi, viroidi i prioni dobro poznati zarazni agensi. Virusi i viroidi su vrlo male čestice. Obje su vrste obvezni paraziti. Virus sadrži RNA ili DNA genom okružen proteinskom kapsidom. Međutim, viroidi su jednolančane kružne molekule RNA. Ne sadrže proteinske kapside. Isto tako, postoje mnoge značajne razlike između virusa i viroida. Stoga se ovaj članak bavi istraživanjem razlike između virusa i viroida.