Ključna razlika između rezonancije i mezomernog učinka je u tome što je rezonancija rezultat interakcije između usamljenih elektronskih parova i vezanih elektronskih parova, dok je mezomerni učinak rezultat prisutnosti supstituentnih skupina ili funkcionalnih skupina.
Dva kemijska koncepta rezonancije i mezomernog učinka određuju točnu kemijsku strukturu organske molekule. Rezonancija nastaje u molekulama koje imaju usamljene elektronske parove na bilo kojem od atoma u molekuli. Mezomerni učinak nastaje ako molekula ima supstituente ili funkcionalne skupine. Oba ova fenomena česta su u organskim molekulama.
