Ključna razlika između maltoze i izomaltoze je u tome što maltoza ima dvije glukozne jedinice koje su međusobno povezane alfa 1-4 vezom, dok izomaltoza ima dvije glukozne jedinice koje su povezane alfa 1-6 vezom.
Maltoza je disaharid. Znači da ima dvije međusobno povezane jedinice šećera. U slučaju maltoze i izomaltoze, jedinica šećera je molekula glukoze. Stoga se ova dva oblika disaharida međusobno razlikuju prema kemijskoj vezi između dviju glukoznih jedinica. Međutim, oba ova oblika šećera reduciraju šećere.
