Ključna razlika između koenzima i kofaktora je u tome što su koenzimi organske molekule, dok kofaktori mogu biti organske ili anorganske molekule.
Enzimi su bitne biološke makromolekule. Oni su biološki katalizatori, što povećava brzinu bioloških reakcija u vrlo blagim uvjetima. Štoviše, enzimi su proteini; tako, kada su podvrgnuti visokoj razini topline, koncentracijama soli, mehaničkim silama, organskim otapalima i koncentriranim kiselinskim ili baznim otopinama, imaju tendenciju da se denaturiziraju. Ponekad enzimima treba podrška druge molekule ili iona da bi imali određenu funkciju. Koenzimi i kofaktori su takve molekule.
