Ključna razlika između aerobnih i anaerobnih mišića je ta što aerobni mišići trebaju kisik za svoje funkcije, dok anaerobni mišići ne trebaju kisik za svoje funkcioniranje.
Mišići su glavne komponente koje sudjeluju u našim pokretima. Štoviše, pomažu u održavanju oblika tijela. Mišići su sposobni disati i aerobno i anaerobno. Stoga mišići prolaze funkcije u prisutnosti i odsutnosti kisika. Na temelju toga postoje dva mišića, naime aerobni i anaerobni mišići. Aerobnim mišićima potreban je kisik za stanično disanje. Drugim riječima, ti mišići ovise o kisiku za proizvodnju energije. Stoga su mitohondriji prisutni u velikom broju. S druge strane, anaerobni mišići ne trebaju kisik za proizvodnju energije. Imaju mitohondrijske fragmente ili enzime potrebne za anaerobno disanje. Stoga ne ovise o kisiku. Stoga je glavna razlika između aerobnih i anaerobnih mišića potreba za kisikom.