Ključna razlika između fotosustava 1 i fotosustava 2 je u tome što fotosustav 1 ima reakcijski centar koji sadrži klorofil, molekulu P700 koja apsorbira svjetlost na valnoj duljini od 700 nm. S druge strane, fotosustav II ima reakcijski centar koji sadrži klorofil, molekulu P680 koja apsorbira svjetlost na valnoj duljini od 680 nm.
Fotosustavi su kolekcija molekula klorofila, pomoćnih molekula pigmenta, proteina i malih organskih spojeva. Postoje dva glavna fotosustava; fotosustav I (PS I) i fotosustav II (PS II), prisutni u tilakoidnim membranama kloroplasta u biljkama. Oboje provode svjetlosnu reakciju fotosinteze. Sukladno tome, biljke u osnovi trebaju oba ova fotosustava. To je zato što za uklanjanje elektrona iz vode treba više energije nego što je fotosustav koji se aktivira svjetlošću mogu pružiti. Slijedom toga, fotosustav II može apsorbirati svjetlost kraćih valnih duljina (više energije) i povezivati se u tandemu s PS I, omogućujući neciklički protok elektrona.
