Ključna razlika između endotoksina i egzotoksina je u tome što je endotoksin lipopolisaharid koji se nalazi unutar bakterijske stanične stijenke, dok je egzotoksin protein koji se izlučuje izvana iz bakterijske stanice.
Toksigeneza je postupak stvaranja toksina od strane patogenih bakterija. To je jedan od glavnih mehanizama koje bakterije koriste za izazivanje bolesti. Postoje dvije vrste bakterijskih toksina kao što su endotoksini i egzotoksini. Postoji razlika između endotoksina i egzotoksina kako strukturno tako i kemijski. Nadalje, različito djeluju na žive organizme. Općenito, endotoksini su lipopolisaharidi, dok su egzotoksini proteini.
