Ključna razlika između homologije i sličnosti u bioinformatici je u tome što se homologija odnosi na izjavu o zajedničkom evolucijskom pretku dviju sekvenci, dok se sličnost odnosi na stupanj sličnosti između dvije sekvence.
Bioinformatika je područje znanosti koje kombinira biologiju, informacijski inženjering, informatiku, matematiku i statistiku za analizu i interpretaciju bioloških podataka. Homologija i sličnost dva su pojma koja koristimo u području bioinformatike. Lako možemo izračunati sličnost kao postotak sličnih ostataka tijekom zadane duljine poravnanja. Međutim, ne možemo izračunati homologiju jer ona može biti istinita ili lažna i obično ovisi o korištenoj hipotezi.
