Ključna razlika između sličnosti i identiteta u poravnavanju nizova je ta što je sličnost sličnost (sličnost) između dviju sekvenci u usporedbi, dok je identitet broj znakova koji se točno podudaraju između dvije različite sekvence.
Bioinformatika je interdisciplinarno polje znanosti koje uglavnom uključuje molekularnu biologiju i genetiku, informatiku, matematiku i statistiku. Poravnanje redoslijeda glavni je pojam u bioinformatici. Postupak je u kojem su sekvence DNA, RNA ili proteina raspoređene kako bi se identificirale regije sličnosti koja je posljedica funkcionalnih, strukturnih ili evolucijskih odnosa između sekvenci. Na kraju poravnanja bit će prikazani kao redovi unutar matrice. Da bi se identični znakovi poravnali u slijedu kolonija, umetnuti su razmaci između ostataka.
