Ključna razlika između protona i elektrona je u tome što je proton subatomska čestica koja se nalazi u jezgri atoma, dok su elektroni čestice koje kruže oko jezgre.
Atomi su gradivni blokovi svih postojećih tvari. Atom sadrži jezgru koja ima protone i neutrone. Elektroni kruže oko jezgre u orbitalama. Osim toga, u jezgri postoje i druge male subatomske čestice. Većina prostora u atomu je prazna. Atraktivne sile između pozitivno nabijene jezgre (pozitivni naboj zbog protona) i negativno nabijenih elektrona održavaju oblik atoma.