Ključna razlika između mikrospore i peludnog zrna je ta što je mikrospora mala spora koja se u biljkama razvija u muški gametofit, dok je peludno zrno sitno zrno koje sadrži muški gametofit.
Reprodukcija biljaka odvija se i spolno i nespolno, pokazujući izmjenu generacija. Postoje dvije generacije poznate kao sporofitna generacija i gametofitska generacija. Zrno mikrospore i peludi dvije su strukture koje se razvijaju tijekom ove dvije generacije. Mikrospora je struktura sporofitne generacije, dok je peludno zrno struktura gametofitske generacije. Također, mikroskop nije gametofit, dok je peludno zrno gametofit.
