Ključna razlika između patofiziologije i patogeneze je u tome što patofiziologija objašnjava stanja koja se tipično uočavaju tijekom bolesnog stanja kao i procese ili mehanizme koji djeluju u organizmu, dok patogeneza objašnjava podrijetlo i razvoj bolesti te je li bolest akutna, kronična ili rekurentna.
Patofiziologija i patogeneza dva su slična pojma koja se koriste za objašnjavanje pojave bolesti i srodnih mehanizama i karakteristika. Patofiziologija se odnosi na stanja promatrana tijekom bolesnog stanja i procese koji se odvijaju u organizmu. Patogeneza se uglavnom fokusira na podrijetlo i razvoj bolesti. Obje su studije važne u dijagnosticiranju bolesti i sprječavanju širenja bolesti.
