Ključna razlika između QTL i GWAS oslanja se na vrstu sekvenci korištenih u analizi. QTL koristi lokus gena veze za analizu fenotipskih svojstava povezanih s poligenskim nasljeđivanjem, dok GWAS koristi cijele sekvence genoma za analizu polimorfizama pojedinačnih nukleotida određenog stanja.
QTL karte i GWAS igraju važnu ulogu u genetskim analizama različitih svojstava. Nadalje, važni su u analizi različitih stanja bolesti s nepoznatom etiologijom. Uz to, sekvenciranje igra ključnu ulogu u obje tehnike. Te se tehnike mogu dalje kombinirati s ostalim tehnikama velike propusnosti za veću točnost i preciznost.
