Ključna razlika između UPGMA i susjednog stabla za spajanje je vrsta filogenetskog stabla koja proizlazi iz svake metode. UPGMA je tehnika izrade ukorijenjenog filogenetskog stabla, dok je susjedno drvo spajanje tehnika izrade nekorijenjenog filogenetskog stabla.
Filogenetska stabla dijagrami su nalik stablima koji pokazuju evolucijske odnose između organizama. Filogenetsko stablo može imati različite topologije, ovisno o tehnici koja se koristi za izgradnju stabla. UPGMA i susjedno drvo za spajanje dvije su glavne metode za izgradnju filogenetskih stabala.
