Ključna razlika između molekularnog spajanja i bodovanja je u tome što je pristajanje tehnika koja se koristi za određivanje afiniteta vezanja između dvije molekule, dok je bodovanje postupak procjene određene poze brojanjem broja povoljnih intermolekularnih interakcija.
Pojmovi molekularno pristajanje i bodovanje koriste se u području molekularnog modeliranja. Molekularno modeliranje tehnika je koja se koristi za određivanje mogućeg rasporeda različitih molekula u određenoj tvari. Ova je tehnika važna za stvaranje novih stabilnih spojeva.
