Ključna razlika između porina i akvaporina je u tome što su porini pore i kanali ispunjeni vodom i nalaze se u membranama bakterija i eukariota. U međuvremenu, akvaporini su membranski proteini koji tvore selektivne kanale u živim stanicama.
Različite molekule ulaze i izlaze iz stanice preko plazmatske membrane u živim organizmima. Dakle, u plazemskoj membrani postoje različiti membranski proteini koji održavaju i reguliraju molekule koje ulaze i izlaze iz stanica. Porini i akvaporini dvije su takve vrste membranskih proteina. Od njih su porini vode napunjene vodom koje olakšavaju transport hidrofilnih molekula kroz membranu. U međuvremenu, akvaporini su selektivni kanali koji posebno omogućuju prolazak vode kroz membranu.
