Ključna razlika između aloantitijela i autoantitijela je u tome što je aloantitijelo antitijelo proizvedeno protiv aloantigena, koji su strani antigeni uvedeni transfuzijom ili trudnoćom. U međuvremenu, autoantitijelo je antitijelo koje reagira sa samoantigenima.
Protutijela se proizvode kao rezultat imunološkog odgovora. Oni mogu odražavati prisutnost, prirodu i intenzitet imunološkog odgovora. Imunološki sustav trebao bi biti u stanju zasebno prepoznati vlastite antigene i strane antigene. To je kritično za njegovu funkciju. B stanice imunološkog sustava proizvode antitijela protiv antigena. Aloantitijela i autoantitijela su dvije vrste takvih antitijela. Aloantitijela nastaju uslijed uvođenja aloantigena u tijelo transfuzijom ili trudnoćom. Suprotno tome, autoantitijela su antitijela koja reagiraju sa samoantigenima. Reakcija autoantitijela sa vlastitim antigenima odgovorna je za upale, oštećenja i disfunkciju tkiva i organa, što dovodi do znakova i simptoma autoimunih poremećaja.
