Ključna razlika između tiocijanata i izotiocijanata je u tome što je tiocijanat funkcionalna skupina u kojoj je alkilna ili arilna skupina vezana kroz atom sumpora, dok je izotiocijanat vezni izomer tiocijanata u kojoj je alkilna ili arilna skupina vezana kroz dušikov atom.
Tiocijanat i izotiocijanat su funkcionalne skupine koje sadrže atome ugljika, dušika i sumpora. Te funkcionalne skupine imaju istu povezanost atoma. Odnosno, atom ugljika je u sredini, dok su atomi dušika i sumpora pričvršćeni na njegove stranice. Međutim, kemijska veza između ovih atoma međusobno se razlikuje.
