Ključna razlika između fagolizosoma i fagosoma je ta što je fagolizosom citoplazmatsko tijelo nastalo stapanjem fagosoma s lizosomom. U međuvremenu, fagosom je vezikula nastala oko čestica koje je fagocitna stanica progutala tijekom fagocitoze.
Fagocitoza je obrambeni mehanizam koji se koristi u određenim stanicama ili organizmima za uklanjanje stranih čestica iz tijela. Fagociti su stanice koje provode fagocitozu. Fagociti su vrste bijelih krvnih stanica, posebno neutrofili, monociti i makrofagi prisutni u krvi. Te stanice štite tijelo otkrivanjem stranih čestica poput bakterija, toksina, mrtvih i umirućih somatskih stanica itd. Fagociti ih zatim progutaju i unište. Fagocitoza je vrsta endocitoze. Fagocitozom se krute čestice internaliziraju u strukturu koja se naziva fagosom. Jednom kad su zarobljeni unutar fagosoma, oni se stapaju s lizosomima i tvore fagolizom. Zatim se pomoću enzima lizosom hidrolaze, čestice unutar fagosoma razgrađuju i uništavaju.
