Ključna razlika između V-tipa i F-tipa ATPaze je ta što V-tip ATPaze djeluje kao ionska pumpa na ATP pogon, dok F-tip ATPaze djeluje kao ATP-sintaza u stanicama.
ATPaza je izraz koji se odnosi na enzime koji su sposobni hidrolizirati ATP. Općenito, ATPaze razgrađuju ATP i energija oslobođena tijekom reakcije koristi se za obavljanje posla jer je ATP valuta energije koja daje energiju za većinu svih staničnih procesa. Za razgradnju ATP-a potrebne su ATPaze. Stoga ATPaze smanjuju energiju aktivacije hidrolize ATP. Postoje četiri glavne vrste ATPaza kao F-ATPaze, V-ATPaze, A-ATPaze i P-ATPaze. ATP-aze tipa V prvenstveno se nalaze u vakuolama eukariotskih stanica. Suprotno tome, ATP-aze tipa F nalaze se u membrani bakterijske plazme, unutarnjoj membrani mitohondrija i kloroplastima. Oni kataliziraju hidrolizu ili sintezu spajanja ATP s transportom H + (ili Na +) kroz membranu.
