Ključna razlika između hnRNA i mRNA je u tome što je hnRNA neprerađeni prerani transkript mRNA koji sadrži introne, dok je mRNA obrađena RNA koja ne sadrži introne.
Postoje različite vrste RNA, a hnRNA i mRNA su dvije vrste njih. Heterogena nuklearna RNA, poznata i kao pre-mRNA, vrsta je primarnog prijepisa koji se stvara unutar jezgre. Jednom kad se stvori pre-mRNA, ona se post-transkripcijski obrađuje u funkcionalnu mRNA, koja se može prevesti u protein u citoplazmi. Stoga se hnRNA sintetizira iz DNA uzorka i to je novonastala RNA prije obrade. mRNA je RNA sekvenca koja nosi genetske informacije za proizvodnju proteina. To je oblik RNA nakon obrade. Štoviše, mRNA prenosi genetske kodone iz DNA u jezgri u ribosome za sintezu proteina.
