Ključna razlika između antigenske i fazne varijacije je u tome što je antigena varijacija mehanizam koji se odnosi na ekspresiju antigenski različitih proteina, ugljikohidrata ili lipida na njihovim površinama, dok je fazna varijacija visokofrekventno reverzibilno uključivanje i isključivanje ekspresije fenotipa.
Antigenska i fazna varijacija dvije su vrste molekularnih mehanizama koje patogeni koriste kako bi se izbjegli imunološki odgovori domaćina. Međusobno su povezani. Ovi mehanizmi omogućuju prilagodbu mikroba, posebno bakterija, na više okoliša. Kao rezultat faznih i antigenih varijacija nastaje heterogeni fenotip klonske bakterijske populacije. U ovoj populaciji pojedinačne stanice eksprimiraju fazno varijabilne proteine ili jedan od višestrukih antigenih oblika proteina. Te su varijacije uglavnom strategije virulencije koje provode patogeni.
