Ključna razlika između protoka energije i kruženja tvari je u tome što protok energije pokazuje prijenos energije s jedne trofičke razine na sljedeću trofičku razinu u prehrambenim lancima, dok ciklus tvari prikazuje protok ili kruženje elemenata kroz žive i nežive dijelove ekosustava.
Energija teče u ekosustavu kroz prehrambene lance. Slično tome, elementi kruže kroz različite dijelove Zemlje. Sunce je izvor energije većine ekosustava. Primarni proizvođači energiju sunčeve svjetlosti popravljaju u ugljikohidratima. Potrošači, posebno biljojedi, konzumiraju hranu koju proizvedu proizvođači. Tada mesojedi i svejedi ovise o biljojedima. Isto tako, energija teče kroz različite trofičke razine. Istodobno, materija se reciklira različitim postupcima. U stvari, i energija i materija prelaze iz jednog organizma u drugi u prehrambenim lancima.
