Ključna razlika između histopatologije i citologije je u tome što je histopatologija proučavanje bolesnih tkiva pomoću mikroskopa, dok je citologija proučavanje pojedinih stanica tijela.
Stanice su osnovne strukturne jedinice života. Tijekom dijagnoze bolesti u medicini patologe pregledavaju stanice i cijela tkiva. Proučavanje tkiva u odnosu na bolest poznato je kao histopatologija. Suprotno tome, proučavanje jednog tipa stanica poznato je pod nazivom citologija. Stoga histopatologija promatra tkiva dok citologija promatra pojedinačne stanice.
