Ključna razlika između strukturne i funkcionalne genomike je u tome što je strukturna genomika proučavanje fizičke prirode genoma, uključujući sekvenciranje i mapiranje genoma, dok je funkcionalna genomika proučavanje ekspresije i funkcije genoma.
Genomika je područje biologije koje se tiče strukture, organizacije, funkcije, evolucije i mapiranja genoma živih organizama. Također uključuje sekvenciranje genoma, određivanje cjelovitog skupa bjelančevina koje kodira organizam te funkcioniranje gena i metaboličkih putova u organizmu. Jednostavnim riječima, genomika je veliko istraživanje skupine gena. Stoga se studije provode na razini genoma. Strukturna i funkcionalna genomika dvije su glavne grane genomike. Strukturna genomika usredotočena je na karakterizaciju i pružanje lokacije čitavom skupu gena u genomu. Suprotno tome, funkcionalna se genomika fokusira na funkciju i svojstvo.
