Ključna razlika između kompozitnih i nekompozitnih transpozona je u tome što kompozitni transpozoni imaju dvije bočne sekvence umetanja, dok nesastavljeni transpozoni imaju obrnute ponavljanje umjesto bočnih sekvenci umetanja.
Transposon je fragment DNA koji se može translocirati unutar bakterijskog genoma. Oni su pokretne sekvence DNA. Useljavaju se na nova mjesta genoma. Ti pokreti mijenjaju slijed bakterijskog genoma, uzrokujući značajne promjene u genetskim informacijama. Oni su prenosivi genetski elementi odgovorni za uspostavljanje novih genetskih sekvenci u bakterijama. Transpozoni se nazivaju i genima koji skaču, jer ovi sekvenci koji skaču mogu blokirati transkripciju gena i preurediti genetski materijal bakterije. Štoviše, odgovorni su za kretanje gena rezistencije na lijekove, gena otpornih na antibiotike između plazmida i kromosoma. Postoje dvije vrste transpozona kao kompozitni i nesloženi transpozoni.
