Ključna razlika između prototropije i tautomerije je u tome što prototropija raspravlja o dva oblika molekule koji se međusobno razlikuju samo položajem određenog protona, dok tautomerija raspravlja o međusobnoj konverziji dvaju strukturnih izomera preseljenjem atoma ili veza.
Prototropija je oblik tautomerizma; to je najčešći oblik tautomerizma. Tautomerizam je koncept u organskoj kemiji koji opisuje pretvorbu jednog strukturnog izomera u drugi izomer premještanjem atoma ili veza. Ako se preseljenje dogodi u protonu u molekuli, tada to nazivamo prototropijom. Stoga je ova vrsta tautomerije poznata kao prototropna-tautomerija.
