Ključna razlika između fluksionalnosti i tautomerije je u tome što se fluksionalnost odnosi na izmjenu nekih ili svih atoma u molekuli, dok se tautomerija odnosi na izmjenu protona između molekula.
Oba termina fluksionalnost i tautomerija odnose se na izmjenu atoma (a) između različitih položaja poput aksijalnog i ekvatorijalnog položaja. Ako ti različiti položaji leže na istoj molekuli, onda je to fluksnost. Ali ako je atom koji je zamijenjen atom vodika (proton) i koji se nalazi u dvije različite molekule, tada se to naziva tautomerizam.
