Ključna razlika između cisgeneze i intrageneze je u tome što se u cisgenezu geni uvode bez ikakvih promjena u DNA sekvenci, a geni imaju svoj prirodni promotor, intron i terminatorske sekvence dok se u intragenezi geni mogu dizajnirati pomoću genetskih elemenata iz drugih biljaka. s istim spolno kompatibilnim genskim fondom.
Transgeneza je genetska modifikacija biljke primatelja s genima iz bilo kojeg biljnog organizma ili biljke donora koja je spolno nespojiva s biljkom primateljicom. Cisgeneza i intrageneza dva su alternativna pojma transgenezi. Obje se odvijaju između ukrstivih vrsta. Cisgeneza se odnosi na genetsku modifikaciju biljke primatelja s prirodnim genom iz spolno kompatibilne biljke. Intrageneza, s druge strane, omogućuje upotrebu novih kombinacija gena stvorenih in vitro preslagivanjima funkcionalnih genetskih elemenata. Međutim, oba koncepta temelje se na upotrebi gena iste vrste ili usko povezanih vrsta koje su spolno kompatibilne. Stoga su intrageneza i cisgeneza identični genskom fondu koji je dostupan za konvencionalni uzgoj.
