Ključna razlika između R i S konfiguracije je u tome što je R konfiguracija prostorni raspored R izomera, koji ima svoj relativni smjer reda prioriteta u smjeru kazaljke na satu, dok je S konfiguracija prostorni raspored S izomera koji ima svoj relativni smjer prioriteta poredak u smjeru suprotnom od kazaljke na satu. Ovdje je relativni smjer reda prioriteta silazni redoslijed prioriteta supstituenata.
R i S izomeri su organske molekule koje imaju kiralno središte, a to je atom ugljika koji ima četiri različita supstituenta. Ti se supstituenti stavljaju na popis prema njihovom prioritetu (prioritet se određuje pomoću CIP pravila kako je opisano u nastavku).
