Ključna razlika između datotečnog sustava i baze podataka je u tome što datotečni sustav upravlja samo fizičkim pristupom, dok baza podataka upravlja i fizičkim i logičkim pristupom podacima.
Baza podataka i datotečni sustav dvije su metode koje pomažu u pohrani, preuzimanju, upravljanju podacima i upravljanju njima. Oba sustava omogućuju korisniku sličan rad s podacima. Datotečni sustav je zbirka datoteka sirovih podataka pohranjenih na tvrdom disku, dok je baza podataka namijenjena za lako organiziranje, pohranjivanje i dohvaćanje velikih količina podataka. Drugim riječima, baza podataka sadrži paket organiziranih podataka koji su obično u digitalnom obliku za jednog ili više korisnika. Skraćenica iz baze podataka je DB. DB je moguće klasificirati prema njihovom sadržaju, poput tekstualnog dokumenta, bibliografskog i statističkog. Važno je napomenuti da se, čak i u bazi podataka, podaci na kraju ili fizički pohranjuju u neke datoteke.
