Ključna razlika između motiva i domene je u tome što motiv nije neovisno stabilan dok je domena neovisno stabilna.
Proteini su važne biološke makromolekule prisutne u našem tijelu. S druge strane, genetski kod gena odlučit će o aminokiselinskom slijedu proteina. Štoviše, proteini imaju primarnu, sekundarnu i tercijarnu strukturu. Primarna struktura je aminokiselinski slijed polipeptidnog lanca. Kad se polipeptidni lanci međusobno preklope, on tvori sekundarnu strukturu proteina. Alfa zavojnice, beta listovi i supersekundarne strukture pripadaju sekundarnim strukturama. Određene skupine supersekundarnih elemenata poznate su kao proteinski motivi. Tercijarna struktura proteina odnosi se na njegovu trodimenzionalnu strukturu koja odlučuje o funkciji proteina. Domena je presavijeni dio molekule proteina, koji je kuglast i ima diskretnu funkciju. To je temeljna funkcionalna i trodimenzionalna struktura proteina.
