Ključna razlika između mezenhimskih i krvotvornih matičnih stanica je u tome što se mezenhimske matične stanice mogu diferencirati u stanice neurona, kostiju, hrskavice, mišića i masnog tkiva, dok se matične stanice hematopoeze mogu diferencirati u sve vrste krvnih stanica u našem tijelu.
Matične stanice su nediferencirane ili nespecijalizirane stanice prisutne u našem tijelu. Sposobni su dijeliti i davati istu vrstu matičnih stanica ili se diferencirati u specijalizirane stanice u tkivima koja imaju određene funkcije. Zbog ovih izvanrednih sposobnosti matičnih stanica, koriste se u popravljanju i obnavljanju oštećenih tkiva. Mezenhimske matične stanice i krvotvorne matične stanice dvije su vrste matičnih stanica koje su izuzetno važne. Mezenhimske matične stanice (nehematopoetske matične stanice) su multipotentne matične stanice koje mogu generirati stanice kostiju, hrskavice i masnih stanica. S druge strane, krvotvorne matične stanice mogu stvarati sve vrste krvnih stanica u tijelu. Štoviše, obje ove vrste matičnih stanica prisutne su u koštanoj srži.
