Ključna razlika između FISH i CGH je u tome što je FISH molekularna tehnika koja otkriva specifične sekvence DNA na kromosomu pomoću fluorescentno obilježenih sondi, dok je CGH još jedna molekularna citogenetska tehnika koja otkriva promjene u genomskoj DNA.
Citogenetska analiza igra važnu ulogu u medicini kada otkriva kromosomske abnormalnosti poput aneuploidija, delecija, duplikacija i preslagivanja itd. Kromosomske abnormalnosti na kraju dovode do genetskih bolesti kao što su rak, neplodnost, Downov sindrom, Klinefelterov sindrom, Turnerov sindrom, leukemija itd. Postoje razne molekularne citogenetičke metode za otkrivanje gore spomenutih nedostataka i bolesti. Među njima su FISH (fluorescentna hibridizacija in situ) i CGH (komparativna genomska hibridizacija) dvije snažne tehnike hibridizacije. Međutim, obje metode imaju prednosti i nedostatke.
