Ključna razlika između sekvence sačmarice i sekvence sljedeće generacije je u tome što je sekvencija sačmarice metoda sekvenciranja koja nasumično razlaže sekvence DNA na mnogo malih fragmenata i ponovno sastavlja sekvencu promatrajući preklapajuća se područja, dok je sekvenciranje sljedeće generacije (NGS) napredna metoda genetsko sekvenciranje koje ovisi o kapilarnoj elektroforezi.
Sekvenciranje je postupak koji određuje precizan redoslijed nukleotida u genu, nakupini gena, kromosomu i cjelovitom genomu. U genomskim studijama, forenzičkim studijama, virologiji, biološkoj sustavnosti, medicinskoj dijagnozi, biotehnologiji i u mnogim drugim područjima vrlo je važno analizirati strukturu i funkciju gena i identifikaciju organizama. Nadalje, postoje različite vrste metoda sekvenciranja. Sekvenciranje sačmarice i Sekvenciranje sljedeće generacije dvije su napredne metode među njima.