Ključna razlika između komplementacije i rekombinacije je u tome što je komplementacija sposobnost dva mutanta u kombinaciji da obnove normalan fenotip, dok je rekombinacija razmjena genetskog materijala između kromosoma, što rezultira fizičkim promjenama u kromosomima.
Komplementacija i rekombinacija dva su koncepta koja genetički stvaraju različite organizme. Komplementacijom se uspostavlja normalan fenotip kada se dva mutanta kombiniraju, dok rekombinacija daje organizam s promijenjenim genetskim sastavom zbog razmjene genetskog materijala između organizama.
