Ključna razlika između homolognih i homeoloških kromosoma je u tome što su homologni kromosomi kromosomi sa zajedničkim pretkom, dok su homeološki kromosomi kromosomi dvosmislene prirode i djelomično homologni.
Kromosomi su strukturne komponente koje nose genetske informacije organizma. Nuklearni materijal u eukariotima raspoređen je tako da tvori kromosome, koji su kompaktne strukture nukleinskih kiselina i proteina. Štoviše, postoje različite vrste kromosoma na temelju načina na koji prolaze kroz staničnu diobu. Homologni i homeologni kromosomi dvije su vrste kromosoma koje igraju važnu ulogu na polju genetike.