Ključna razlika između bakteriocina i antibiotika je ta što je bakteriocin proteinski toksin koji bakterije proizvode protiv usko povezanog bakterijskog soja, dok je antibiotik antibakterijska tvar i sekundarni metabolit koji ubija ili inhibira rast bakterija.
Antimikrobne tvari imaju sposobnost ubijanja patogenih mikroorganizama ili usporavanja njihovog rasta i razmnožavanja. Antimikrobna sredstva mogu biti antibakterijska, protugljivična ili antivirusna. Antibakterijske tvari ili antibiotici djeluju protiv bakterija, dok antifungalne tvari djeluju protiv patogenih gljivica. Antivirusni lijekovi ubijaju viruse. Stoga su antibiotici vrsta najučinkovitijih antibakterijskih tvari koje se mogu koristiti u borbi protiv bakterijskih infekcija. Bakteriocin je bjelančevinasti toksin koji proizvode bakterije. Djeluje protiv usko povezanih sojeva bakterija. Dakle, i antibiotik i bakteriocin posjeduju antibakterijsko djelovanje.
