Ključna razlika između mikronukleusa i makronukleusa je u tome što je mikronukleus manja jezgra koja sadrži genom zametne linije cilijarnih praživotinja, dok je makronukleus najveća jezgra koja sadrži somatski genom cilijaznih praživotinja.
Nuklearni dimorfizam je fenomen postojanja dvije različite vrste jezgara unutar iste stanice. To je posebna karakteristika prisutna u protozojskim cilijama i nekim foraminiferama. Te dvije jezgre su makronukleus i mikronukleus. Sadrže zasebne genome. Makronukleus je veći koji kontrolira metabolizam cilijaznih protozoa, dok je mikronukleus manji koji provodi reproduktivne funkcije i generira makronukleus.
