Ključna razlika između mikoplazme i klamidije je u tome što je mikoplazma rod bakterija kojem nedostaje stanični zid, dok je klamidija rod bakterija koji uključuje gram negativne i obvezne parazite.
Vrste mikoplazme su najmanje bakterije koje su još otkrivene, s najmanjim genomima i minimalnim brojem izuzetno bitnih organela. Mikoplazma je bakterija bez zida. Stoga nemaju određeni oblik. Općenito, sferične su u obliku vlaknastih stanica. Suprotno tome, klamidija je rod bakterija koji ima stanične stijenke. Oni su gram negativne bakterije. I mikoplazma i klamidija uzrokuju spolno prenosive bolesti. Štoviše, oni proizvode slične simptome, ali mogu se liječiti različitim antibioticima.