Ključna razlika između melanina i melatonina je u tome što je melanin jedan od glavnih pigmenata koji se nalaze u ljudskoj koži, kosi i oku, dok je melatonin hormon koji proizvodi epifiza i igra ulogu u somnolenciji i regulaciji budnosti tokom spavanja ciklus.
Melanin i melatonin dvije su kemijski srodne tvari, ali s mnogo različitih karakterističnih svojstava. Njihovo podrijetlo, funkcija, kemijski sastav i mjesto u ljudskom tijelu vrlo se razlikuju. Stoga ovaj članak pokušava raspraviti o razlici između melanina i melatonina.