Ključna razlika između bakterioklorofila i klorofila je u tome što anoksigeni fototrofi, poput ljubičastih bakterija, heliobakterija i zelenih sumpornih bakterija itd., Imaju bakterioklorofile, dok kisični fototrofi poput zelenih biljaka, algi i cijanobakterija imaju klorofile.
Postoje dvije vrste fotosinteze; kisična fotosinteza i anoksigena fotosinteza. Postoje i dvije vrste fotosintetskih pigmenata kao što su klorofil i bakterioklorofil. Kiseonični fototrofi imaju klorofil, dok anoksigeni fototrofi imaju bakterioklorofil. Bakterioklorofil i klorofil slični su u ukupnoj strukturi. Ali oni se razlikuju u supstitucijama oko prstena i u duljini i supstitucijama na repu fitola. Postoje četiri vrste klorofila, dok postoji sedam vrsta bakterioklorofila.
