Ključna razlika između bakterijskih endospora i spora gljivica je stanična organizacija dviju vrsta spora. Bakterijske endospore su uspavane strukture prisutne u prokariontskim bakterijama. Spore gljivica reproduktivne su strukture prisutne u eukariotskim gljivama.
U bakterijskim stanicama prisutne su bakterijske endospore, koje su uspavane strukture koje mogu preživjeti surove okolne uvjete. Posljedično, ove endospore klijaju kad se ispune prikladni uvjeti okoline. Suprotno tome, gljivične spore su egzospore koje se oslobađaju prema van za sporulaciju.
