Ključna razlika između filtracije i pročišćavanja je ta što je filtracija tehnika koja odvaja krutine od tekućina filtriranjem tekućine kroz barijeru, dok je pročišćavanje postupak odvajanja neželjenih komponenata od tekućine različitim tehnikama poput filtracije i dezinfekcije.
Filtracija je tehnika pročišćavanja u kojoj koristimo barijeru kroz koju se tekućina može filtrirati. Ovo uklanja čvrste komponente u tekućini. Pročišćavanje je vrlo širok pojam u kojem možemo razgovarati o različitim metodama, osim filtracije, korisne u pročišćavanju uzorka.