Ključna razlika između kotransporta i kontratransporta je ta što je kotransport oblik sekundarnog aktivnog transporta koji istovremeno transportira dvije vrste molekula kroz plazemsku membranu u istom smjeru ili u suprotnom smjeru. S druge strane, kontratransport je jedan od dva oblika kotransporta koji transportira dvije vrste molekula istovremeno u suprotnom smjeru jedna drugoj preko stanične membrane.
Molekule ulaze i izlaze putem selektivne plazmatske membrane stanice. Postoji nekoliko vrsta proteina koji prenose membranu. Cotransport i countertransport dvije su vrste sekundarnog aktivnog prijevoza. Cotransport istovremeno prevozi dvije različite vrste molekula u spregnutom kretanju, dok je countertransport ili razmjena vrsta cotransporta koji transportira dvije vrste molekula u suprotnom smjeru kroz membranu.
